Gerlach musste in der Folge beide Burgen sowohl die Oberburg als auch die Niederburg dem Trierer Erzstift zu Lehen auftragen.
Nach dem Erlöschen der Linie Isenburg-Kobern im Mannesstamm veräußerten die Erben des Hauses die beiden Burgen 1347 und 1351 an den Trierer Erzbischof Balduin von Luxemburg. Seitdem bildete die vormalige Herrschaft Kobern ein eigenständiges Amt, das in der Folgezeit häufig an die Herren von der Leyen verpfändet wurde. Dieses wurde später dem Amt Polch zugeschlagen.
Im Zuge des Pfälzischen Erbfolgekrieges ist die Koberner Niederburg wie auch die Oberburg 1688/89 zerstört worden.
Seit 1948 gehören die Oberburg und die Niederburg zur Schlösserverwaltung Rheinland-Pfalz.